Будут ли активно задействоваться современные инструкции в процессорах?
Это от компилятора зависит. Современные компиляторы как правило создают код способный анализировать возможности процессора и, в случае поддержки инструкций, запускать ветку выполнения инструкций которая их использует, или запускать более медленный вариант если нужная инструкция не поддерживается, так что проблем, кроме снижения производительности, быть не должно.
SE и пр. не используются в SE.
А планируются?
Мне кажется модель расчетов деревьев хорошо попадает под возможности векторных инструкций. Возможно это на порядок бы ускорило расчет данных для видеокарты и возможно сняло бы с неё часть нагрузки которую можно было бы выполнить на CPU. Или уже ждать новых API, где вычислительные юниты абстрактны.