Вы имеете ввиду какую версию SE 098 или 099 ?
Нынешнюю, разумеется, 0.99. В ней, если вы не заметили, посадочные модули на Луне имеются в базовой поставке, а модуль "Аполлона-11" в избранных локациях.
И значит ли это что я, должен распаковывать PAK файл ?
Ну если по другому никак, то да, PAK-файлы - это обычные zip-архивы, у которых расширение изменено с zip на pak. Но можно же в этот архив войти программой-архиваторм, и извлечь только нужный файл. А я вообще пользуюсь Total Commander-ом, который позволяет заходить в архивы, как в папки, и не задумываться о таких вещах.
но как при этом сохранить все посещенные локации вот в чем вопрос?
Надо полагать, сохранить файл "SpaceEngine\config\journal.cfg", и затем вновь скопировать во вновь установленную программу. Но полностью переустанавливать ее едва ли есть много смысла, наверно достаточно очистить папки "cache", "addons", и "config" - от файлов с датой изменения после установки текущей версии программы. Если вы меняли какие-то собственные файлы программы (что лучше не делать) - тогда еще выполнить проверку целостности средствами Стима.